A Escola de Educação Especial da ABADS atende o primeiro ciclo do ensino fundamental, do 1º ao 5º ano, desde 1956.

Em parceria com a Secretaria da Educação do Estado de São Paulo (SEE), atende às crianças e jovens de 6 à 29 anos de idade, com diagnóstico de  Deficiência Intelectual (DI) e ou Transtorno do Espectro do Autismo (TEA), que necessitam de apoio permanente/pervasivo, cujas condições individuais impossibilitam a inclusão escolar imediata e/ou permanência na rede regular de ensino.

O trabalho pedagógico é norteado pela Metodologia de Projetos, pelas abordagens do Ensino Estruturado, PECS e pelos Princípios da Análise do Comportamento Aplicada (ABA).

A Escola toma como base os Parâmetros Curriculares Nacionais por constituírem-se um referencial para a educação em todo o Brasil que, apesar de apresentarem uma estrutura curricular completa, são abertos e flexíveis exigindo adaptações para a construção do fazer pedagógico de cada instituição.
Todas as atividades são desenvolvidas, buscando a interdisciplinaridade, dando enfoque aos diversos conteúdos estabelecidos no programa curricular e outros voltados aos interesses e às manifestações dos alunos no cotidiano escolar, cuja organização está descrita no Regimento Escolar. 

Trabalha com enriquecimento curricular nas oficinas pedagógicas, sendo elas: informática, brinquedoteca, dança, arteterapia, musicoterapia e, ainda, atividades esportivas.
O quadro do pessoal técnico pedagógico e docente, tem uma formação especializada nas áreas da deficiência, conforme exigências legais.

Fazem parte da Equipe Escolar:

• Diretora Escolar
• Coordenadoras Pedagógicas
• Professores licenciados e habilitados em todas as disciplinas relativas à etapa de ensino ministrada
• Profissionais de apoio especializados
• Equipe de Apoio Administrativo e Operacional

A estrutura da ABADS voltada aos alunos da Escola é composta por: salas de aula, sala de informática, sala de dança, sala de educação física, sala de artes, sala de musicoterapia, parque, brinquedoteca, espaço lúdico (jogos), auditório, Casa de atividade de vida diária (AVD), enfermaria, refeitório, quadra de esportes, pátio coberto e salas de atendimento e apoio pedagógico.